县卫健局设下列内设机构，均为股级。
（一）办公室（政务服务股）。负责机关日常运转和内外联系、综合协调。承担信息、保密、机要、档案、信访、政务公开、文稿起草、督查督办和党风廉政建设等工作。负责机关及全县卫生健康系统党的建设及行风建设。承担工会、共青团、妇联等群团组织工作。指导卫生行业安全生产、综治维稳、禁毒等工作。
负责规范性文件的合法性审查工作，承担“放管服”改革、行政审批制度改革各项工作。负责政务服务事项办理、政务服务窗口管理和服务工作。负责梳理加载、更新发布权责清单、服务指南等工作，负责组织、协调、督促服务事项办理，推行网上审批服务。负责拟定卫生健康宣传教育规划，组织开展卫生健康宣传教育。指导行业精神文明建设及舆情监控处置。负责全县卫生健康系统信息化建设和网络体系建设，负责卫生健康科学普及、新闻发布和先进典型的宣传报道工作。
（二）人事教育股。承担机关及全县卫生健康系统各单位的干部人事管理工作，负责任免调配、机构编制、劳动工资、职称评审、人事档案、教育培训、行业资格考试、人才队伍建设等工作。负责机关及下属单位离退休干部工作。拟定全县卫生健康人才发展规划和培训计划，牵头组织实施各类卫生专业人才培训项目。负责卫生专业技术人员继续教育。拟定全县卫生健康科技教育发展规划并组织实施，指导管理行业科研项目、新技术应用及学术团体工作。负责下属事业单位人事制度改革和工作人员绩效考核工作。承担机关和下属单位外事管理工作。
（三）规划财务股。承担机关财务工作，拟定内部财务管理制度。负责拟定全县卫生健康事业中长期发展规划，统筹全县卫生健康资源配置与服务体系建设，负责全县卫生健康系统项目库建设和县级重大项目的前期工作。指导和监督卫生健康事业资金审核管理，拟定全县卫生健康系统资金使用、监督和审计等工作制度。承担机关统计管理及全县卫生健康系统单位预决算、财务、资产管理与内部审计等工作，拟定系统财务管理、监督和审计等工作制度，并组织实施。
（四）医政和卫生监督股。负责拟定医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及医德医风建设等行业管理政策规范、标准并监督实施。指导乡村一体化建设、基层卫生服务体系建设和乡村医生管理工作。拟定公立医院绩效评价及考核制度，指导开展全县医疗机构评审、实验室生物安全备案管理工作。负责推进建立现代医院管理制度、医药卫生体制改革及公立医院综合改革工作。组织实施国家基本药物制度，加强药事管理，指导完善药品供应保障和使用政策。拟定维护公众健康权益、医疗卫生纠纷处理相关政策措施，协调处理医疗纠纷及相关民事诉讼，提供医疗事故技术鉴定咨询服务。指导和承担重大活动医疗卫生保障，传染病疫情和突发公共卫生事件紧急医学救援。负责监督卫生行业政务服务行为。承担行政复议、行政诉讼和法律解释等工作。承担公共卫生、医疗卫生、学校卫生、饮用水卫生、传染病防治等监督检查和指导工作，依法查处医疗服务市场违法行为。指导规范执法行为，督办重大违法案件。
（五）基层卫生股（健康促进股、卫生应急办公室）。负责拟定全县基层卫生健康政策、标准和规范并组织实施，指导推进全县基本公共卫生服务项目实施。负责拟定妇幼卫生健康政策、地方标准和规范，推进妇幼健康服务体系建设及业务工作，指导妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务工作。承担全县卫生健康系统信息数据及年报统计工作。负责建立巩固脱贫成果和健康帮扶政策落实，制定健康帮扶政策措施，推进健康乡村建设。负责拟定艰苦边远和少数民族地区医疗卫生事业发展规划和倾斜照顾政策，提升贫困地区医疗服务能力和医疗保障水平。指导并组织实施健康科普宣传和突发疾病急救知识宣传及技能培训，提升居民健康素养水平。负责拟定全县突发公共卫生事件监测和风险评估方案，指导并承担全县传染病疫情和突发公共卫生事件的预防控制、应急处置。负责突发公共卫生事件应急队伍建设及相关应急物资的需求分配工作，组织编制预案、演练的组织实施。发布突发公共卫生事件应急处置信息。规划指导全县疾病监测预警体系建设，组织开展传染病疫情监测、风险评估及疫情信息发布工作，指导医疗机构落实传染病疫情信息报告责任。开展食品安全风险监测、评估和交流；负责拟定食品安全、食品营养健康地方标准，指导全县食品营养工作。
（六）疾病预防控制股。负责指导全县疾病预防控制体系建设。组织开展流行病学调查、检验检测、应急处置等工作，拟定全县传染病相关公共卫生干预措施方案并组织实施，组织开展传染病防控效果评估。统筹规划并指导医疗机构开展疾病预防控制工作，监督管理传染病医疗机构。负责拟定重大疾病、慢性非传染性疾病等防治规划，组织落实国家免疫规划，预防接种监督管理工作。负责拟定全县环境卫生、放射卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生相关政策、标准并指导组织实施。承担地方病防治管理工作。负责职业健康风险评估和职业人群健康管理工作，开展重点职业病监测、专项调查等职业病防治工作。
（七）中医药股。负责中医药事业发展，制定全县中医药事业中长期发展规划和全县中医药防治重大疾病规划并组织实施。指导医疗卫生机构中医药工作。承担中医医政、科研、教育及人才培养、中医药信息化建设，组织实施基层中医药工作。组织开展中医药师承教育及名中医评选等相关工作。组织开展全县中药资源普查，促进中药资源保护、开发和合理利用。负责中医药产业发展、文化建设、养生保健及旅游产品开发，推进中医药服务贸易、交流合作和中医药相关产业建设。
（八）人口发展股（流动人口办公室）。承担人口监测预警工作并研究提出促进人口与家庭发展相关政策建议，落实优化生育政策，推进普惠托育服务体系建设，完善托育服务制度；负责落实医养结合的政策、标准和规范，建立和完善老年健康服务体系。组织实施计划生育特殊家庭扶助关怀。承担老年人医疗照护与关怀服务等老年健康工作。